Дацан Гунзэчойнэй в Санкт-Петербурге

В 1924 году храм вновь начал функционировать до 1935 года; когда храм был закрыт, начались преследования буддийского духовенства. Весной 1935 года органы НКВД арестовали первую группу лам. В 1937 году чекисты устраивают ночной разгром ленинградского дацана, арестовывая всех оставшихся монахов и лиц, живших при храме (среди них — бурятские просветители, русские ученые-востоковеды) и верующих. По решению «тройки» захваченных расстреляли, среди них и известного монголиста Барадийна. 13 ноября в Бурятии арестован 85-летний Агван Доржиев, а 29 января 1938 года Доржиев после единственного допроса умирает в тюремной больнице Верхнеудинска (ныне г. Улан-Удэ).

Дацан передан во владение физкультурников. В мае–июне 1939 года о нем упоминает в своей повести «Старуха» Даниил Хармс (персонаж произведения едет в пригородном поезде с Финляндского вокзала на станцию «Лисий Нос» и делится наблюдениями из окна: «Мы проезжаем Ланскую и Новую Деревню. Вон мелькает золотая верхушка буддийской пагоды, а вон показалось море»).

Во время Великой Отечественной войны в храме была устроена военная радиостанция. Она оставалась в здании до 1960-х годов, использовалась как «глушилка». С 1960-х годов в нем находились лаборатории Зоологического института. 9 июля 1990 года решением исполкома Ленгорсовета храм был передан буддистам. В 1991 года храм получил свое нынешнее название — Дацан Гунзэчойнэй, что является аббревиатурой тибетского имени данного ему при освящении. Новым ширетуем дацана был назначен лама-гелонг Данзан-Хайбзун Самаев.

Три года спустя в главном алтаре храма был установлен новый бурхан Большого Будды Шакьямуни, изготовленный монгольскими мастерами в традиционном монгольском стиле — из папье-маше, с последующим покрытием фигуры вероучителя сусальным золотом. Высокую нефритовую спинку трона Будды («мандорла») украшали изображения различных мифологических существ, образующие яркую цветовую гамму. Высота туловища Будды составляет два с половиной метра, а вместе с троном — около пяти.

Регистрация буддийской общины и возобновление службы в храме способствовали дальнейшему распространению буддизма в Санкт-Петербурге. К началу 2000 года в городе насчитывалось уже не менее десятка буддийских групп, представляющих различные, в том числе и не тибетские, буддийские традиции.